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Die Bataver waren ein westgermanischer Volksstamm. Aufgrund einer stammesinternen Fehde trennten sie sich von den Chatten und siedelten sich um etwa 50 v. Chr. an der Rheinmündung in der römischen Provinz Belgica an.
Im Jahre 12 v. Chr. wurden sie von den Römern unter Drusus unterworfen und galten von da an als treue Bundesgenossen, mit einer Ausnahme:
Der Bataver-Aufstand unter Iulius Civilis im Jahre 69 n. Chr. In diesem Zusammenhang gelang den Batavern erstmals die Eroberung eines römischen Legionslagers (castra vetera – Xanten). Erst nach dem Aufstand von 69/70 n. Chr. erfolgte die Einrichtung einer civitas Batavorum, die in der Nachfolge des oppidum Batavodurum seit Trajan der römische Militärstützpunkt Ulpia Noviomagus Batavorum (Nimwegen) war.
Im Anschluss an die Machtkämpfe um die Nachfolge Kaiser Neros (54−68) und der Niederschlagung des Bataver-Aufstandes Ende 70 n. Chr.,wurde die Cohors IX Batavorum gemeinsam mit ihren Schwesterverbänden nach Britannia verlegt. Die Truppe lag dort im Kastell Vindolanda. An diesem Standort ist sie durch mehrere Vindolanda-Tafeln aus den Jahren 95 bis 105 n. Chr. belegt. Neuere Untersuchungen belegen, dass die Bataver nach 105 aus Vindolanda abzogen.
Der erste gesicherte Nachweis der Cohors IX Batavorum in der Provinz Raetia beruht auf einem Militärdiplom, das auf 116 n. Chr. datiert ist. In dem Diplom wird die Kohorte als Teil der Truppen aufgeführt, die in Raetia stationiert waren. Weitere Militärdiplome aus den Jahren 140 bis 168 belegen die Einheit in derselben Provinz.
Ein weiteres wichtiges Dokument für die Anwesenheit der Cohors IX Batavorum in Raetia ist ein bis 1892 an der Andreaskirche in Weißenburg vermauerter Votivaltar für Jupiter. Er nennt einen Marcus Victorius Provincialis als Truppenkommandeur (Praefectus cohortis) der Cohors IX Batavorum equitata milliaria exploratorum. Der Altar wird in die Jahre 104 bis 106 n. Chr. datiert und gilt etlichen Forschern als schlüssiger Nachweis, dass die Truppe nach ihrem Einsatz in Britannia direkt nach Raetia kam und in Weißenburg und Ruffenhofen stationiert war.
Letztmals erwähnt wird die Einheit mit der Bezeichnung Cohors IX Batavorum in der Notitia Dignitatum unter der Leitung eines Tribuns für den Standort Batavis (Passau) als Teil der Truppen, die dem Oberkommando des Dux Raetiae unterstehen.
Im 4. Jahrhundert gingen die inzwischen romanisierten Bataver in den Franken auf.